my
کارگاه آموزشی «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS»، هجدهم تا بیستم شهریور ماه سال جاری به همت پژوهشکده فناوری زیستی دانشگاه مالک اشتر برگزار می‌شود.
امروزه شبیه‌سازی کامپیوتریبه عنوان ابزار جدیدی برای حل مشکلات علمی و نیز مکمل روشهای آزمایشگاهی به کار می‌رود. یکی از اهداف بسیار مهم شبیه سازهای کامپیوتری، شبیه‌سازی شرایط آزمایش، به منظور آشکار کردن مکانیزم مولکولی در ابعاد میکروسکوپی است.
شبیه‌سازی می‌تواند جزئی‌ترین اطلاعات را پیرامون جنبش ذرات به عنوان تابعی از زمان فراهم کند. به همین جهت به عنوان ابزاری توانمند در بسیاری از رشته‌های علوم، زیست‌شناسی، شیمی، فیزیک، مهندسی، علوم فضایی، پزشکی، داروسازی و … کاربردهای فراوانی دارد. به عنوان مثال با استفاده از روشهای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی می‌توان خواص پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک را بررسی کرد، مکانیسم عمل آنزیم‌ها را شناسایی کرد و در طراحی داروها از این روش‌ها بهره برد.
در یک تعریف کلی شاید بتوان گفت شبیه‌سازی، تقلیدی از عملکرد سیستم واقعی با گذشت زمان است. بنابراین می‌توان از آن برای پاسخ دادن به سوالاتی راجع به یک سیستم مدل استفاده کرد و این کار بسیار آسانتر از انجام آزمایش بر روی یک سیستم حقیقی است.
بر اساس اعلام پژوهشکده فناوری زیستی دانشگاه مالک اشتر، در این راستا نرم‌افزارهای شبیه‌سازی بسیاری با کاربردهای گوناگون ارائه شده است. از آن جمله می‌توان به نرم‌افزارهای امبر (AMBER)، چارم (CHARMM)، نمد (NAMD)، گرومکس (GROMACS) و … اشاره کرد که در بین آنها استفاده از نرم‌افزار گرومکس به علت سادگی، در دسترس بودن و پیشرفت روزافزون آن از گستردگی بیشتری برخوردار است. بنابراین در کارگاه حاضر از نرم‌افزار گرومکس به منظور شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده خواهد شد.
«آموزش مباحث تئوری و شبیه سازی مولکولی»، «آموزش عملی نصب و استفاده از سیستم عامل لینوکس ونرم افزار GROMACS» و «تمرین عملی شبیه سازی مولکولی با استفاده از نرم افزار GROMACS» از جمله سرفصل‌های این کارگاه آموزشی خواهند بود.
علاقه‌مندان می‌توانند برای کسب اطلاعات بیشتر به نشانی اینترنتی www.mut.ac.ir/mut.php?name=fzisti مراجعه کرده و یا با شماره تلفن ۲۲۹۷۰۱۶۵-۰۲۱ تماس بگیرند.